Electrochemical cleavage of peptide bonds for mass spectrometry-based proteomics
At a Glance
Section titled “At a Glance”| Metadata | Details |
|---|---|
| Publication Date | 2017-01-01 |
| Journal | Data Archiving and Networked Services (DANS) |
| Authors | Tao Zhang |
Abstract
Section titled “Abstract”Electrochemische eiwitoxidatie ontwikkelt zich als een instrumenteel alternatief voor chemische en enzymatische splitsing in massaspectrometrie-gebaseerde proteomics, en als een krachtig gereedschap om oxidatie van peptides en eiwitten in vivo te bestuderen. De voornaamste nadelen van electrochemische peptidesplitsing vergeleken met de traditionele enzymatische en chemische splitsing zijn de verhoudingsgewijs lage splitsingsopbrengst en de hogere complexiteit van de reactiemengsels door de vorming van niet-splitsingsproducten na oxidatie, naast gesplitste peptides. Het thema van dit proefschrift is het ontwikkelen van nieuwe methodes op basis van electrochemie gecombineerd met massaspectrometrie (EC-MS) om electrochemische eiwitsplitsing alsmede de toepassing in MS-gebaseerde proteomics, gecombineerd met het labelen van electrochemisch gevormde reactieve intermediairen, te verbeteren. We hebben betere methodes ontwikkeld voor peptide- en eiwitsplitsing, waaronder het miniaturiseren en het verbeteren van de celconfiguratie met boron doped diamond (BDD) electrodes, in samenwerking met collega’s van de Universiteit Twente. Een efficiënte en selectieve strategie voor het labelen en afvangen van de gesplitste peptides van interesse, gebaseerd op specifieke reacties van de spirolacton-groepen, is ontwikkeld om de monstercomplexiteit te verminderen en de efficiëntie van proteomics-analyses na electrochemische eiwitdigestie sterk te verbeteren. Het tweede doel van dit proefschrift is het bepalen van de haalbaarheid van het gebruik van electrochemische oxidatie in vitro om oxidatieve reacties van peptides en eiwitten in vivo na te bootsen en oxidatiemechanismes te bestuderen. Studies van producten van Gly-Met-Gly, gevormd door radiolytische en electrochemische oxidatie, zijn uitgevoerd in samenwerking met collega’s van de Universiteit van Bologna (ISOF), Italië.
Tech Support
Section titled “Tech Support”Original Source
Section titled “Original Source”- DOI: None